1. Phương pháp khấu trừ thuế áp dụng đối với: cơ sở kinh doanh thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hoá đơn, chứng từ và đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế; trừ các đối tượng áp dụng tính thuế theo phương pháp tính trực tiếp trên GTGT hướng dẫn tại Điều 13 Thông tư 06/2012/TT-BTC.

2. Xác định số thuế GTGT phải nộp:

Số thuế GTGT phải nộp = Số thuế GTGT đầu ra - Số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ

Trong đó:

a) Số thuế giá trị gia tăng đầu ra bằng tổng số thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ bán ra ghi trên hoá đơn giá trị gia tăng.

Thuế giá trị gia tăng ghi trên hoá đơn giá trị gia tăng bằng giá tính thuế của hàng hoá, dịch vụ chịu thuế bán ra nhân (x) với thuế suất thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ đó.
Trường hợp sử dụng chứng từ ghi giá thanh toán là giá đã có thuế GTGT thì thuế GTGT đầu ra được xác định bằng giá thanh toán trừ (-) giá tính thuế quy định tại khoản 11 Điều 7 Thông tư này.

Cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng tính thuế theo phương pháp khấu trừ thuế khi bán hàng hóa, dịch vụ phải tính và nộp thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ bán ra. Khi lập hoá đơn bán hàng hóa, dịch vụ, cơ sở kinh doanh phải ghi rõ giá bán chưa có thuế, thuế GTGT và tổng số tiền người mua phải thanh toán. Trường hợp hoá đơn chỉ ghi giá thanh toán (trừ trường hợp được phép dùng chứng từ đặc thù), không ghi giá chưa có thuế và thuế GTGT thì thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ bán ra phải tính trên giá thanh toán ghi trên hoá đơn, chứng từ.

Ví dụ 39: Doanh nghiệp bán sắt, thép, giá bán chưa có thuế GTGT đối với sắt F6 là: 11.000.000 đồng/tấn; thuế GTGT 10% bằng 1.100.000 đồng/tấn, nhưng khi bán có một số hoá đơn doanh nghiệp chỉ ghi giá bán là 12.100.000 đồng/tấn thì thuế GTGT tính trên doanh số bán được xác định bằng: 12.100.000 đồng/tấn x 10% = 1.210.000 đồng/tấn thay vì tính trên giá chưa có thuế là 11.000.000 đồng/tấn.

Cơ sở kinh doanh phải chấp hành chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hoá đơn, chứng từ. Trường hợp hoá đơn ghi sai mức thuế suất thuế giá trị gia tăng mà cơ sở kinh doanh chưa tự điều chỉnh, cơ quan thuế kiểm tra, phát hiện thì xử lý như sau:

Đối với cơ sở kinh doanh bán hàng hoá, dịch vụ: Nếu thuế suất thuế GTGT ghi trên hoá đơn cao hơn thuế suất đã được quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT thì phải kê khai, nộp thuế GTGT theo thuế suất đã ghi trên hoá đơn; Nếu thuế suất thuế GTGT ghi trên hoá đơn thấp hơn thuế suất đã được quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT thì phải kê khai, nộp thuế GTGT theo thuế suất thuế GTGT quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT.

b) Thuế GTGT đầu vào bằng (=) tổng số thuế GTGT ghi trên hoá đơn GTGT mua hàng hóa, dịch vụ (bao gồm cả tài sản cố định) dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT, số thuế GTGT ghi trên chứng từ nộp thuế của hàng hoá nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam.

Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào là loại được dùng chứng từ đặc thù ghi giá thanh toán là giá đã có thuế GTGT thì cơ sở được căn cứ vào giá đã có thuế và phương pháp tính hướng dẫn tại khoản 11 Điều 7 Thông tư này để xác định giá không có thuế và thuế GTGT đầu vào.

Số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ được xác định theo nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT quy định tại Điều 14, Điều 15, Điều 16, Điều 17 Thông tư này.

Ví dụ 40: Trong kỳ, Công ty A thanh toán dịch vụ đầu vào được tính khấu trừ là loại đặc thù:
Tổng giá thanh toán 110 triệu đồng (giá có thuế GTGT), dịch vụ này chịu thuế là 10%, số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ tính như sau:

Giá chưa có thuế là 100 triệu đồng, thuế GTGT là 10 triệu đồng.

Trường hợp hoá đơn ghi sai mức thuế suất thuế giá trị gia tăng mà các cơ sở kinh doanh chưa tự điều chỉnh, cơ quan thuế kiểm tra, phát hiện thì xử lý như sau:

Đối với cơ sở kinh doanh mua hàng hoá, dịch vụ: Nếu thuế suất thuế GTGT ghi trên hoá đơn mua vào cao hơn thuế suất đã được quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT thì khấu trừ thuế đầu vào theo thuế suất quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT; Trường hợp xác định được bên bán đã kê khai, nộp thuế theo đúng thuế suất ghi trên hoá đơn thì được khấu trừ thuế đầu vào theo thuế suất ghi trên hoá đơn nhưng phải có xác nhận của cơ quan thuế trực tiếp quản lý người bán; Nếu thuế suất thuế GTGT ghi trên hoá đơn thấp hơn thuế suất quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT thì khấu trừ thuế đầu vào theo thuế suất ghi trên hoá đơn.

(Tham khảo Điều 12 - Thông tư 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012)